长江公益基金由长江商学院、长江校友总会和中国红十字基金会共同组成的管理委员会（简称管委会），负责基金的募集、管理、资助和监督等重大事宜。管委会下设长江公益基金办公室，具体执行管委会的决议，负责管委会的日常工作。长江公益基金执行财政部《非营利组织会计核算制度》，每年邀请专业审计机构对基金的财务收支进行审计，审计结论向长江校友及全社会公布。